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学术自由、大学自治与教授治校
欧洲最早的大学出现在公元11世纪末。大约从1087年开始，Tuscany的女伯爵Matilda邀请杰出的罗马法教师Irnerius到意大利北部的波伦亚讲授罗马法，欧洲各地的学生慕名而来，这些人如何组织到一起很快成为。由于学生人数的大增，早期师生之间组成的合伙显然不再合适。于是学生们先是按照同乡会的方式组织起来，但同乡会并不能摆脱各民族的属人法，而学生们来此研习的恰恰是能够成为各民族普通法的罗马法。学校仍然需要一个符合它的形式。这个形式终于在罗马法的概念工具中找到了，那就是universitas，一种具有独立人格的社团。当时波伦亚有两个这样的universitas，一个由来自阿尔卑斯山以北的学生组成，一个由来自阿尔卑斯山以南的学生组成。Universitas的存在不以它的成员的存在为条件，大学的成员可以变动，但大学永存；大学终于获得了属于自己的安定的法律形式。
对内，Universitas对成员行使广泛的刑事和民事管辖，组织成员间在生活上的互相扶助；对外，它则负责与城市当局、教授以及房东的交涉。这实际上是一个学生的自治体。其总理事会由各同乡会选举的代表组成，总理事会再选举理事长。理事长负责授予学士学位。理事长还任命一个称为“教授告发组”的学生组织，负责告发教授的失职行为。如果教师在教学时间上短斤少两，便可能受到Universitas的罚金处罚。总理事会颁布了大学条例，对大学的事务、学生和教授的纪律以及课程的方方面面做出规定。大学条例在颁布后20年内不得改变，除非学生和教授两方面一致同意。
显然，在波伦亚大学的自治中学生占主导地位。教授们组成的教授会有权组织和接纳博士候选人；因为教授必须有博士学位，所以这项权力也就是教授会接纳自己的会员的权力。
学生的主导地位主要是由他们的经济地位决定的。学生不是来自欧洲各地的富家子弟就是有修道院的赞助，他们的到来给波伦亚带了持久的繁荣。从12到13世纪，学生人数最多时曾达到1万人，少的时候也有1千人。波伦亚的房地产和餐饮业端赖学生。教授报酬由上课的学生直接按大学条例付给。如果学生不满意，他们可以轻易带着教授到别的城市去。
但是，这种建立在罗马法法律概念基础上、由学生的经济能力维持的大学自治还是渐渐受到了侵蚀。波伦亚城市当局开始给教授付酬，并要求他们发誓不离开波伦亚。学生们不必向教授交讲课费了，但他们同时也逐渐失去了对大学的控制。
在波伦亚大学创建后的第一个一百年里，虽然传说Irnerius曾因反对教皇被革除教籍，但教会并没有试图直接控制波伦亚大学。1219年，当时的教皇发布命令，规定教师的任命，也就是博士学位的获取要经过波伦亚副主教的考试，教会的教学执照成为做大学教师的必备条件。教授会独立决定接纳自己成员的一去不返。
日后出现的巴黎大学采取了不同的组织形式，学生和教师首先组织在神学、法学、医学、文学这四个系中，各系再组成大学。大学由教授，而不是学生管理。从此以后，教授治校似乎成为稳定的大学自治形式。学术自由、教授治校的原则最终在19世纪初以后出现的性大学中稳定下来。
美国的第一所研究性大学――霍普金斯大学成立于1876年（北大的成立不过晚了23年）。不过和北大不一样的是，霍普金斯大学是由私人——霍普金斯先生的遗赠建立的。在美国，慈善家的捐助使大学一开始就摆脱了地方教会的束缚。而且霍普金斯大学开办时拥有的财政基础就相当于哈佛两个半世纪积累的总和。1892年芝加哥大学成立的时候，来自洛克菲勒基金会的捐助又是霍普金斯大学的许多倍。新的研究性大学的出现，最终到哈佛、耶鲁那些悠久、主要从事自由和职业教育的学院式大学，和一些州立赠地大学，促使它们也建立研究生院，将研究和教学结合起来。
在美国，大学这一百多年的历史可以以二战为界划为两段。在前一阶段，对学术自由、大学独立的威胁主要来自保守的董事会和唯唯诺诺的校长。比如1901年，斯坦福大学经济学家爱德华
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