《牡丹亭》中杜丽娘对现实的挣扎与反抗、追求与向往，其实隐含着汤显祖被“理”深深束缚的心态以及由之而来的困惑。
从汤显祖一生的奋斗过程看，激情与消沉、梦幻与现实的冲突一直未在他心中停止过。他在《牡丹亭》中描写了杜丽娘在虚境和现实两间的巨大矛盾:一方面是丽娘在虚幻世界里任自己的情流飞泻、爱火炽燃;另一方面则是现实中丽娘是知书识礼的闺秀，“不向人前轻一笑”，还魂之后，谈及与柳的婚姻，念念不忘的是“父母之命、媒约之言”，耿耿于怀的是夫婿的状元及第。这种矛盾在汤显祖的身上也存在，他在让丽娘为爱情东奔西突的过程中无法为她找到一个更为理想的归宿，只好在现实秩序中为她寻觅一个自己认为合理的稳妥结局。杜丽娘那“情”的奔突力量在现实中的无奈处境，包含了汤显祖对其所信仰的“至情”的淡淡幻灭感。另一方面，汤显祖在具有了进步的人性观念的同时，头脑中还滞留着很多传统伦理观念。他在《宜黄县戏神清源师庙记》中公开宣称，戏曲应当为完善“三纲五常”、为维护封建教化服务。他还在《南柯记》中大谈女性的“三从四德”。“夫三从者:在家从父，出嫁从夫，老而从子。四德者，妇言、妇德、妇容、妇功。有此‘三从四德’者，可以为贤女子矣。可见，传统的伦理道德所推祟的节妇义夫仍是他心目中的理想人格典范。他在打破传统规范的同时，也想树立起一个符合自己理想的标准典型，但在现实中一时又难以实现。茫然四顾之际，头脑中根深蒂固的传统观念占了上风。于是，当杜丽娘还魂回生后以“鬼可虚情，人须实礼”的原则声明婚姻“必得父母之命、媒灼之言”时，我们看到了一个曾被汤显祖所鄙夷、冲击的封建伦理规范制度下遵礼守德的封建贤良女子的形象又出现在眼前了。
汤显祖本人在《牡丹亭题词》中也明确点破了这个主旨。他说:“如丽娘者，乃可谓之有情人耳。情不知所起，一往而深，生者可以死，死可以生。生而不可与死，死而不可复生者，皆非情之至也。”又说:“磋夫!人世之事，非人世所可尽。自非通人，恒以理相格耳!第云理之所必无，安知情之所必有邪?
汤显祖在这里提出了关于“情”和“理”的关系问题，即如实表现人之“情”，不能以“理之所必无”去抑制“情”，这就是汤显祖戏剧作品中自觉的指导思想和中心主旨。
他在《牡丹亭》中所着意刻画的杜丽娘的春思梦遇，寻梦伤逝，魂荐枕席，无媒自合，婚走野店等杜、柳之间的生而死、死而生的真情，恰恰都是为封建礼教所不容者，是宋明理学家所痛低的万恶人欲。此种“真情”、“至情”都是宋明理学家所谓“理中所必无者”的东西。所以，从这一点上说，汤显祖在《牡丹亭》中，分明在以“情”抗“理”。
但“理”所构建的占统治地位的人的观念，极端主张压抑人的自然欲望，扩张人的伦理规范，引导人们在世俗的日常生活中积极寻求自身欲望的合理满足，简言之:就是以“理”制“情”。这种一成不变的观念与封建专制统治有着极其密切的关系，也普遍地、顽固地浸淫着封建时代人们的心理，使得人们的理想人格潜移默化地符合封建伦理道德规范，形成一个思维定势，由于这种因素的存在，在以“情”抗“理”的激烈冲击中，也就时断时续地隐存着不少缓冲地带。所以，“情”与“理”的强烈冲突和尖锐对立，在《牡丹亭》中并未得到长久的持续。就在汤显祖秉持“以人情之大窦，为名教之至乐的原则构建理想的节妇义夫的过程中;在显示对“情”高度张扬的同时也对传统伦理观念心许默认的过程中，杜丽娘也就慢慢地消融在“情”、“理”合一的框架里了。
这种艺术构思正展示了汤显祖对现实社会的无奈，因为无奈，才借着文学艺术的想象来排遣、平衡他不平静的心理状态。汤显祖希望借着对“情”的描绘，创造一个至情的理想世界，以美好想象的升华取代人世真实的醒凝。
尽管，张扬着个性、至情等浪漫思潮的《牡丹亭》，在与“理”所构建的封建秩序决裂之际，又重新与之融会为一，但毕竟《牡丹亭》中由“情”所迸发的冲天火焰，却照亮了令人窒息的“理”的世界，对当时控制了社会各个角落的“存天理，灭人欲”的理学观念给予了无情的抨击和否定，让许多伪君子、卫道士瞳目结舌，引起无数妇女发自内心的强烈共鸣。也让无数的少女发现了自我，更加清醒地认识了自己所处的时代。让千百年来呻吟于“理”的栓桔中的人们感到了一丝春的气息，让迷失于“理”的黑暗中的痛苦灵魂找到了栖息之地。我们说汤显祖正是借助以《牡丹亭》为代表的作品，使高扬在晚明天空的人性觉醒、思想解放的旗帜更加鲜艳迷人。这也正是《牡丹亭》所焕发出的艺术魅力所在。